По словам представителей корпорации Майкрософт, Линукс и другие приложения с открытым кодом нарушают целый перечень их патентов. Вот только часть полного списка: ядро Linux (42), Linux GUI (65), Open Office (45), email (15), а так же еще 68 пунктов в других областях.
Детальней о конфликте – тут.